For over 20 år siden ankom fremmede væsner fra rummet til Jorden. Men det foregik ikke, som vi regnede med. De var blot flygtninge fra en fjern, ødelagt verden, som søgte husly. De blev installeret i District 9, mens verdens nationer diskuterede, hvad der skulle ske med dem. Nu er tålmodigheden sluppet op.
De fremmede væsner er blevet sat under kontrol af et privat selskab, som i virkeligheden kun er interesseret i at kunne aktivere væsnernes heftige våben. Alle forsøg er hidtil mislykkedes, for det kræver, at man har væsnernes DNA. En af selskabets medarbejdere, Wikus, bliver smittet med en virus, som begynder at ændre hans DNA, og snart er jagten gået ind på denne mand, som måske kan give adgang til væsnernes hemmeligheder.
Wikus har nu kun ét sted i hele verden, hvor han kan gemme sig: District 9.
