Historien om Marnie er baseret på en engelsk roman af Joan G. Robinson. Ligesom med 'Når Vinden Rejser Sig' er der tale om et tema og en melankolsk handling, der både vil tale til det yngre og voksne publikum.
Den utilpassede pige Anna, der bliver sendt ud på landet i et forsøg på at forbedre hendes opførsel. Her møder hun den blonde ensomme pige, Marnie, der deler sine følelser med Anna - og senere også et tragisk mysterium, der sætter dybe spor i Annas personlighed.