Sæson 13 bliver som ingen andre før, da en af deres egne bliver taget som gidsel.
Nye beviser dukker op og sætter spørgsmålstegn ved deres arbejde samtidig med en trussel fra fortiden rammer både teamet og dets allierede.
Special Agent Leroy Jethro Gibbs ved, at han kan regne med sit dygtige team. Da der er allermest på spil, tager specialagent DiNozzo sin endelige afsked i den uforglemmelige sæsonfinale.
