Eventyret om holdet fra Navy CIS fortsætter i sæson 3 med lige så meget action og nervepirrende sekvenser som altid.
Deres leder, special agent Leroy Jethro Gibbs (Mark Harmon), er en barsk, men meget dygtig efterforsker, der ikke går af vejen for at bøje reglerne. Navy CIS-gruppen prøver at samle sig, efter at en terrorist har fået ram på en af deres agenter.
Og tingene bliver ikke mindre komplicerede for Gibbs, da Jennifer Shepard (Lauren Holly), Gibbs' tidligere kæreste, bliver ny øverstbefalende for Navy CIS.
