Efter privatdetektiven Harry Goodmans mystiske forsvinding, forsøger hans søn Tim at finde ud af, hvad der er sket. Som hjælp har han den hysterisk sjove og nuttede superdetektiv Pikachu. Sammen begiver de sig ud på et eventyr fyldt med fart igennem Ryme Citys neon-belyste gader for at løse mysteriet. På vejen afslører de en ondskabsfuld plan, som truer hele Pokémon-universet.
