Admiral James T. Kirk begynder at føle, at de lange ture rundt i kosmos kun er noget for de unge, og at fremtiden aldrig kan blive lige så spændende, som fortiden har været. Men på en rutinemæssig inspektion med U.S.S. Enterprise tager Kirks karriere en helt ny drejning, da hans ærkefjende fra det 20. århundrede på jorden, den genetisk modificerede krigsherre Khan Noonian Singh, er tilbage.
