Opfinderen Seth Brundle arbejder på en maskine, der kan transportere fast stof fra ét sted til et andet. Det vækker journalisten Veronica Quaifes interesse, og de to falder for hinanden. Men et eksperiment går galt, og Brundle udvikler abnorme tendenser.
Udadtil ligner Martin (Eric Stoltz), Anaconda, Jerry Maguire) en ganske almindelig dreng, men indadtil er han noget af det mest avancerede menneske man kan forestille sig. Kun fem år gammel - og allerede udviklet som en voksen mand, (som hans far ville være hvis ikke han var en flue!!!). Nu er det kun et spørgsmål om tid før Martins muterede gener vågner af søvne. Pakket med utrolige special-effects, er FLUEN 2 en genial fortsættelse af 1’eren.
