Filmen samler op hvor "Avengers: Age of Ultron" slap, når Steve Rogers leder det nye team af Avengers i deres fortsatte bestræbelser på at beskytte menneskeheden.
Dog opstår en konflikt da regeringen laver en ny lov, der siger at alle mennesker med overnaturlige kræfter skal registreres. Captain America er imod den nye lov, mens Iron Man støtter op om tiltaget - dette fører til kamp intern kamp og nu gøres der klar til et opgør, da alle heltene har valgt side...
