Wolverine er her igen...
Historien fortsætter. Året er 2029. Antallet af mutanter i verden er færre en nogensinde før. De er næsten forsvundne.
En ond organisation ledet af Nathanial Essex er efter en pige, Laura, der blev klonet ud fra Logans DNA.
Det er op til Logan og Charles Xavier at forsøge at beskytte Laura fra Essex og hans plan om at ødelægge verden.
Dog virker Wolverines helbredende evner ikke længere så godt som i hans ungdom.
Professor X's evner og minder er begyndt at svigte... Kan disse helte og venner rejse sig en sidste gang for at redde en mutant i nød?