Sæson 5 af Ncis: Los Angeles indeholder 24 afsnit fordelt på 6 diske
Vi begynder hvor forrige sæson sluttede. Deeks og Sam bliver tortureret af den berygtede våbenhandler Isaac Sidorov, der vil have dem til at indrømme, at de er agenter.
Og der går ikke længe før Sidorov bringer Sams kone Michelle, der arbejder undercover, ind og beordrer hende til at skyde Sam og Deeks.
I mellemtiden forsøger Callen og resten af holdet at opspore Sidorovs atomvåben, og senere efterforsker holdet en kidnapning af en mand, der hævder at være Callens far...