Efter X-Men: First Class og X-Men: Days of Future Past kommer X-Men: Apocalypse, den tredje film i X-Men prequel trilogien, der fortæller om gruppens unge dage.
I 1983 vågner den magtfulde mutant Apocalypse (Oscar Isaac) efter at have været begravet i adskillige årtusinder. Apocalypse, der er rasende over, at mutanter ikke længere behandles som guder, som han ellers var forvænt med, samler et hold af stærke mutanter for at udslette menneskeheden og skabe en ny verdensorden. Blandt mutanterne er den desillusionerede Magneto (Michael Fassbender), der ellers havde vundet over sine mørke sider.
I et forsøg på at sætte en stopper for Apocalypes globale destruktive fremmarch leder Mystique (Jennifer Lawrence) og Professor X (James McAvoy) et hold af unge X-Men i et episk opgør mod en tilsyndeladende ustoppelig fjende.