Under en farlig redningsmission i rummet rammes Jean Gray af en kosmisk styrke, der gør hende til den stærkeste mutant af alle. Jean mister kontrollen samtidig med at hun prøver at mestre sine nyfundne kræfter, som ikke kun truer med at tilintetgøre X-Men, men hele verden.
Efter næsten 20 år skal de mutanter, vi har lært at kende og elske, nu møde deres værste fjende til dato - en af deres egne.
