Vi følger Navy CIS (NCIS) en gruppe specialagenter, som ikke svarer til nogen og opererer uden for de militære kommando led.
Deres leder, special agent Leroy Jethro Gibbs (Mark Harmon), er en barsk, men meget dygtig efterforsker, der ikke er sen til at bøje reglerne, hvis det gavner en given sag. Den tæt sammentømrede gruppe rejser jorden rundt og opklarer alt, lige fra mord og spionage til terrorisme og kidnapning.
